Ao todo, a lei recebeu oito vetos. Bolsonaro também excluiu da lei o artigo que permitia a comercialização do queijo artesanal em todo o território nacional e no exterior, desde que cumpridas as exigências da lei e do país importador. O argumento foi de que, ao tratar de comércio interestadual e internacional, o dispositivo “gera insegurança jurídica em razão de potencial conflito com legislações já existentes na esfera federal”.

Também foram vetados os dispositivos que obrigavam o governo a estabelecer protocolo de elaboração para cada tipo de queijo artesanal, os protocolos sanitários de produção e um cadastro eletrônico de cadastro dos produtores verificados e licenciados. O Presidente alegou que os artigos vetados invadem a competência privativa do governo.